O αλγόριθμος Waterman.
Ο αλγόριθμος των Smith & Waterman για τοπικές στοιχίσεις
είναι πανομοιότυπος με αυτόν των Needleman & Wunsch με
μόνη διαφορά ότι οποτεδήποτε η βαθμολογία Sκ,μ πάρει τιμή
μικρότερη του μηδενός, η τιμή της τίθεται ίση με το μηδέν. Άρα,
Sκ+1,μ+1 = Sκ+1,μ - (gap penalty),
Sκ+1,μ+1 = Sκ,μ+1 - (gap penalty) }