Βαθμολόγηση στοιχίσεων
Έστω δυο ακολουθίες a και b, και μια στοίχιση αυτών των
ακολουθιών στην οποία υπάρχουν Νi,j ζεύγη στοιχισμένων
αμινοξέων Αi και Βj (στις θέσεις i και j των ακολουθιών a και
b), και ένα σύνολο Νgap κενών (καθ’ όλο το μήκος της
στοίχισης). Εάν s( Αi, Βj ) είναι η βαθμολογία υποκατάστασης
του αμινοξέος Αi από το Βj, τότε η βαθμολογία της στοίχισης