O αλγόριθμος Needleman
Η καινούργια βέλτιστη βαθμολογία στοίχισης θα είναι προφανώς
το μέγιστο των τριών αυτών τιμών της Sκ+1,μ+1 δηλαδή :
Sκ+1,μ+1 = max{ Sκ,μ + s( ακ+1 , βμ+1),
Sκ+1,μ+1 = Sκ+1,μ - (gap penalty),
Sκ+1,μ+1 = Sκ,μ+1 - (gap penalty) }
Άρα, εάν έχουμε τιμές για τα Sκ,μ , Sκ+1,μ και Sκ,μ+1 μπορούμε να
υπολογίσουμε το Sκ+1,μ+1 απλά με το να βρίσκουμε το μέγιστο
από τις τρεις αριθμητικές εκφράσεις που δίδονται μέσα στις
αγκύλες της παραπάνω εξίσωσης.