Στατιστική σημασία στοιχίσεων.
Βασιζόμενοι σε μια βέλτιστη στοίχιση μεταξύ δυο αλληλουχιών,
θέλουμε να συνάγουμε την ύπαρξη (ή όχι) ομολογίας ανάμεσα
στις αλληλουχίες (εάν, δηλαδή, αυτές οι αλληλουχίες έχουν όντως
εξελικτική σχέση, και συνεπώς, ίσως και λειτουργική).
Για να το επιτύχουμε αυτό, θα πρέπει να είμαστε σε θέση να
εκτιμήσουμε κατά πόσο η ομοιότητα που δηλώνεται από τη
βαθμολογία (S) της στοίχισης είναι στατιστικά σημαντική (δηλαδή,
πόσο πιθανό ή απίθανο είναι να παρατηρήσουμε μια τέτοια
βαθμολογία μεταξύ δυο αλληλουχιών οι οποίες δεν έχουν