This is the homepage for the 3rd semester's course on Bioinformatics at the Department of Biological Applications and Technologies at the University of Ioannina.
Material available from this site includes :

• HTML-ised versions of the slides presented during the lectures :
  • 1st lecture (08/10/2001)
    Δημιουργία και εξέλιξη υπολογιστών, Εξέλιξη υλικού, Κατηγορίες Λογισμικού, Αναφορά στα δίκτυα, Το μέλλον.
  • 2nd lecture (15/10/2001)
    Δυνατότητες και χρήσεις υπολογιστών, Η αρχή ισοδυναμίας των υπολογιστών, Γλωσσική αναλογία, Το μοντέλο του καλού γραφειοκράτη, Program counter, Καταχωρητές, Εντολές, Πίνακες αληθείας.
  • 3rd lecture (22/10/2001) - Part 1
    Γενικά στοιχεία για το μάθημα (Εξετάσεις, Σύγγραμμα, Ύλη μαθήματος, Γιατί unix, Γιατί εισαγωγή στους υπολογιστές).
  • 3rd lecture (22/10/2001) - Part 2
    UNIX (1) : Ιστορία, Χαρακτηριστικά, Εκδόσεις, Διαδικασίες login και logout, Το σύστημα αρχείων του unix, Κατάλογοι και υποκατάλογοι, Δομή αρχείων, Χρήστες και ομάδες, Προστασίες αρχείων και καταλόγων, Εντολές : cd, ls, chmod, χαρακτήρες υποκατάστασης, Καθιερωμένη είσοδος/έξοδος, Προγράμματα-φίλτρα, Επαναπροσδιορισμός εισόδου-εξόδου, Σύνδεση προγραμμάτων (pipes), find, cat, tail, tee.
  • 4th lecture (29/10/2001) - Part 1
    UNIX (2) Εντολές : ln, mv, cp, rm, η τιμή και η εντολή umask, chown, chgrp, mkdir, rmdir, compress, uncompress, tar, more.
  • 4th lecture (29/10/2001) - Part 2
    UNIX (3) Εντολές : who, finger, tty, date, cal.
  • 5th lecture (05/11/2001) - Part 1
    Δίκτυα (1) : Δίκτυα, Internet και Ηλεκτρονικό ταχυδρομείο : Ιστορία του Internet, τοπικά δίκτυα, Δίκτυα δικτύων, Internet και η ανάπτυξη του, Ηλεκτρονικό ταχυδρομείο : διευθύνσεις, domains, Αποστολή και λήψη μηνυμάτων με το unix mail, Προγράμματα δικτύου : telnet, ftp, talk.
  • 5th lecture (05/11/2001) - Part 2
    Δίκτυα (2) : TCP/IP, DNS, Routers και αρχιτεκτονική τοπικών δικτύων, TCP.
  • 5th lecture (05/11/2001) - Part 3
    Δίκτυα (3) : (Αν)ασφάλεια δικτύων.
  • 6th lecture (12/11/2001) - Part 1
    HTML (1) : http και html, html και browsers, Μια αλληγορία για TCP/IP, DNS, http και html.
  • 6th lecture (12/11/2001) - Part 2
    HTML (2) tags : επικεφαλίδες, παράγραφοι, στοίχιση, σύνδεσμοι (εσωτερικοί και εξωτερικοί), κατάλογοι, προκαθορισμένη μορφή, ετικέτες επεξεργασίας κειμένου, εισαγωγή και χρήση εικόνων.
  • 7th lecture (19/11/2001)
    Η γλώσσα προγραμματισμού C, Μέρος πρώτο: Γιατί προγραμματισμό, Γιατί C, Αντικείμενο των μαθημάτων C, Το πρώτο πρόγραμμα, Τι καταλαβαίνει ένας υπολογιστής από C, Μεταγλωττιστές, Το πρόβλημα της μεθόδου Bradford (ελαχίστων τετραγώνων) : εξισώσεις και επίλυση τους, Δήλωση και χρήση μεταβλητών τύπου ακεραίου και κινητής υποδιαστολής, Δήλωση και χρήση πινάκων, Η εντολή for, Η συνάρτηση printf(), Η εντολή if και το ζεύγος εντολών if-else.
  • 8th lecture (26/11/2001)
    Η γλώσσα προγραμματισμού C, Μέρος δεύτερο : for και ένθετες for, συνδεδεμένες if-else (πολυκλαδικές αποφάσεις), if και λογικοί τελεστές, Η εντολή while, Η συνάρτηση scanf(), Ολοκλήρωση του προγράμματος ελαχίστων τετραγώνων, Παραδείγματα : υπολογισμός αριθμητικών τιμών εξισώσεων 1ου και 5ου βαθμού, Συναρτήσεις, Κλήσεις συναρτήσεων και παράδειγμα εφαρμογής.
  • 9th lecture (03/12/2001)
    Η γλώσσα προγραμματισμού C, Μέρος τρίτο : Χαρακτήρες στη C, Encodings και γραμματοσειρές, Δήλωση και χρήση μεταβλητών τύπου χαρακτήρων, Δήλωση και χρήση πινάκων χαρακτήρων, Είσοδος/Έξοδος χαρακτήρων και πινάκων χαρακτήρων, Εφαρμογή 1η : υπολογισμός μοριακού βάρους πρωτεΐνης από την πρωτοταγή της δομή, Εφαρμογή 2η : Μετατροπή της αλληλουχίας πρωτεϊνών από το συμβολισμό του ενός γράμματος στο πλήρες αμινοξικό όνομα.
  • 10th lecture (10/12/2001)
    Η γλώσσα προγραμματισμού C, Μέρος τέταρτο : Επανάληψη Εφαρμογών 1 και 2 (υπολογισμός μοριακού βάρους πρωτεΐνης από την πρωτοταγή της δομή, μετατροπή της αλληλουχίας πρωτεϊνών από το συμβολισμό του ενός γράμματος στο πλήρες αμινοξικό όνομα), Εφαρμογή 3η : Εύρεση πρωτεϊνικής αλληλουχίας από την κωδικοποιούσα DNA αλληλουχία, Εφαρμογή 4η : to be announced.
  • 11th lecture (17/12/2001)
    Η θέση της Βιοπληροφορικής στη Βιολογία : το κεντρικό παράδειγμα της Βιολογίας και τα κεντρικά προβλήματα της Βιοπληροφορικής, Εφαρμογές της Βιοπληροφορικής, Ανάλυση αλληλουχιών, Ομολογία και στοιχίσεις αλληλουχιών, Αλγόριθμοι Needleman και Wunsch, Smith και Waterman, Παραδείγματα εφαρμογής των δυο αυτών αλγορίθμων, Ευρεστικοί αλγόριθμοι, Στατιστική αξιολόγηση στοιχίσεων.
  
  
• Powerpoint files and ZIPed html files are also available (for local installation) :
  • Powerpoint files (directory listing).
  • 3rd lecture (22/10/2001) - Part 1 [327K]
  • 5th lecture (05/11/2001) - Part 2 [142K]
  • 5th lecture (05/11/2001) - Part 3 [70K]
  • 6th lecture (12/11/2001) - Part 1 [606K]
  • 7th lecture (19/11/2001) [2.0M]
  • 8th lecture (26/11/2001) [2.0M]
  • 9th lecture (03/12/2001) [2.2M]
  • 10th lecture (10/12/2001) [2.1M]
  • 11th lecture (17/12/2001) [2.5M]
  
  
• PDF versions of the examination papers distributed during the practicals :
  • 1st practical (17,18,19 Oct 2001)
    UNIX (1) : Διαδικασίες login-logout, Εντολές cd, pwd, ls, mkdir, rmdir, cat, more, cp, mv, rm, Εξοικείωση με τον κειμενογράφο vi.
  • 2nd practical (24,25,26 Oct 2001)
    UNIX (2) : Εντολές cd, pwd, ls, mkdir, rmdir, cat, more, cp, mv, rm, Εξοικείωση με τον κειμενογράφο vi, χαρακτήρες υποκατάστασης, το σύμβολο ~, Η εντολή chmod.
  • 3rd practical (31 Oct, 1,2 Nov 2001)
    UNIX (3) : Εντολές tar, grep, find, tail, head, wc, w, who, finger, Επαναπροσδιορισμός εισόδου/εξόδου, pipes.
  • 4th practical (7,8,9 Nov 2001)
    Το Δίκτυο και οι υπηρεσίες του : ftp, telnet, Mail, browsers, και μερικές χρήσιμες μηχανές έρευνας και βάσεις δεδομένων.
  • 5th practical (14,15,16 Nov 2001)
    html και δημιουργία προσωπικής ιστοσελίδας.
  • 6th practical (21,22,23 Nov 2001)
    C (1) : Γενική δομή προγραμμάτων, Μεταγλώττιση, Τύποι int και float, Πίνακες, Εντολές for, if και if-else, Η συνάρτηση printf(), Πρώτη επαφή με τη C μέσω οκτώ μικρών προγραμμάτων.
  • 7th practical (28,29,30 Nov 2001)
    C (2) : Τύποι int και float, Πίνακες, Εντολές for, while, if και if-else, Συναρτήσεις printf() και scanf(), Ανάλυση και τροποποίηση του προγράμματος ελαχίστων τετραγώνων.
  • 8th practical (5,6,7 Dec 2001)
    C (3) : Ανάλυση του προγράμματος υπολογισμού μοριακών βαρών πρωτεϊνών, Μετασχηματισμός του προγράμματος υπολογισμού μοριακών βαρών σε ένα πρόγραμμα ανάλυσης της κατανομής των υδρόφοβων αμινοξέων σε πρωτεΐνες.
  • 9th practical (12,13,14 Dec 2001)
    C (4) : Σχεδιασμός, συγγραφή, μεταγλώττιση και εκτέλεση δύο προγραμμάτων σε C.
  • 10th practical (19,20,21 Dec 2001)
    Μία μικρή άσκηση Βιοπληροφορικής : Έρευνα και χρήση (μέσω του διαδικτύου) των βάσεων δεδομένων και των εφαρμογών τους με σκοπό την ταυτοποίηση και χαρακτηρισμό μιας πρωτεΐνης με βάση ελλειπή και αποσπασματικά στοιχεία.
  
  
• Related links and documents :
  • Introduction to Unix [PDF, Στα Ελληνικά, Έχει διανεμηθεί]
  • Βασικές εντολές του λειτουργικού συστήματος Unix [HTML].
  • Εισαγωγή στον πρoγραμματισμό υπολογιστών με τη γλώσσα C [HTML].
  • A two-page-long reference card for C [PDF].
  • The 10-minute guide for newcomers to HTML [HTML].
  • The HTML 3.2 reference specification [HTML] (not bedtime reading).
  • Οδηγίες χρήσης του κειμενογράφου vi [PDF].
  
  
• Unrelated links and documents :
  • A 1998 article published in Performance Computing entitled "Unix as literature" (locally available PDF).
  • How to destroy your computer (or, adding unix to your PC).
  • Real Programmers don't write Pascal.
  • The story of Mel.
  
  
• Διδάσκοντες :
  • Ισαάκ Ε. Λαγαρής.
  • Νικόλαος Μ. Γλυκός.
  
  

Τελική βαθμολογία !!!

---

Νικόλαος Μ. Γλυκός,
Μεταβατικό, Γραφείο Π12,
Τηλ. (εσωτερικό) 7495,
nglykos@cc.uoi.gr