Ευρεστικοί αλγόριθμοι (Heuristic algorithms).
Είναι αλγόριθμοι οι οποίοι αυξάνουν κατά πολύ την ταχύτητα
της διαδικασίας στοίχισης επιτρέποντας έτσι την γρήγορη έρευνα
των βάσεων δεδομένων για την αναζήτηση ομολογιών.
Το κόστος αυτής της αύξησης της ταχύτητας, είναι ότι για τούς
αλγορίθμους αυτούς, η εύρεση της βέλτιστης στοίχισης (είτε
ολική, είτε τοπική) δεν είναι εγγυημένη.