Στοίχιση αλληλουχιών
Υποθέτοντας ότι δυο αλληλουχίες a και b έχουν μεταξύ τους
εξελικτική σχέση [δηλαδή ότι οι μεταξύ τους διαφορές είναι
αποτέλεσμα εξελικτικών γεγονότων (μεταλλάξεων, εισαγωγών,
διαγραφών)], ο στόχος της διαδικασίας στοίχισης τους είναι να
αποκαλύψει αυτά τα εξελικτικά γεγονότα. Εάν για παράδειγμα,
b : AGCAACTTAATGA τότε η στοίχιση :
υποδηλώνει την παρουσία μιας μετάλλαξης (T-C) στη θέση 3
καθώς και δυο γεγονότων εισαγωγής/διαγραφής δυο βάσεων στις
θέσεις που καταλαμβάνονται από τα κενά.