Στοίχιση αλληλουχιών
Για την επίλυση του προβλήματος (και μιας και η πραγματική
εξελικτική ιστορία των αλληλουχιών μας είναι άγνωστη),
καταφεύγουμε στην εξής (a posteriory) λύση :
Εάν έχουμε έναν τρόπο να βαθμολογούμε μια στοίχιση με τέτοιο
τρόπο ώστε όσο μεγαλύτερη η βαθμολογία της, τόσο μεγαλύτερη
η πιθανότητα τα εξελικτικά γεγονότα που υποδηλώνει να είναι
αληθή, τότε η στοίχιση που θέλουμε είναι αυτή η οποία
αντιστοιχεί στο ολικό μέγιστο της βαθμολογίας όλων των