Στοίχιση αλληλουχιών
Με αυτό τον τρόπο το πρόβλημα μετατίθεται από την εύρεση της
εξελικτικής ιστορίας δυο ακολουθιών, στην εύρεση του ολικού
μεγίστου μιας συνάρτησης των ακολουθιών (στην θέση της
εξέλιξης τώρα έχουμε τη συνάρτηση που υπολογίζει τη
βαθμολογία μιας στοίχισης).
Άρα, τα προβλήματα είναι :
1. Δεδομένης μιας στοίχισης, πως υπολογίζουμε τη βαθμολογία της, και,
2. Πως (από όλες τις δυνατές στοιχίσεις δυο αλληλουχιών) βρίσκουμε εκείνη με τη μεγαλύτερη βαθμολογία.